Pengurusan risiko organisasi di LHDNM dilaksanakan secara bersepadu melalui pelbagai fungsi pengurusan yang menggunakan kaedah dan alat penilaian risiko (risk tools) mengikut skop serta objektif masing-masing.
Pengurusan Risiko Korporat / Enterprise Risk Management (ERM) dan Pengurusan Risiko Pematuhan Cukai/ Tax Compliance Risk Management (TCRM) menggunakan Sistem Pengurusan Maklumat Risiko 2.0 (i-RIS 2.0) sebagai platform pengurusan dan pelaporan risiko bagi menyokong pengenalpastian, penilaian, pemantauan serta rawatan risiko organisasi dan risiko ketidakpatuhan cukai.
Pengurusan Kesinambungan Perkhidmatan/ Business Continuity Management (BCM) pula memberi fokus kepada kesinambungan operasi melalui Business Impact Analysis (BIA) dan Risk Assessment (RA), manakala Keselamatan dan Kesihatan Persekitaran Pekerjaan/ Occupational Safety, Health and Environment (OSHE) mengurus risiko keselamatan dan kesihatan pekerjaan menggunakan pendekatan HIRARC.
Walaupun menggunakan metodologi dan instrumen yang berbeza, kesemua fungsi ini saling melengkapi dalam memperkukuh tadbir urus, daya tahan dan keberkesanan penyampaian perkhidmatan organisasi secara menyeluruh.